Lietuvos etnografijos muziejuje saugomi didžiausi Lietuvos etnografijos paveldo rinkiniai. Kai kurių čia saugomų objektų, ypač iš gausios medinės architektūros kolekcijos (numo, dūminių gryčių, diendaržinio tvarto, milo vėlyklos, aliejinės), jau niekur kitur negalima pamatyti. Dėl sovietmečiu vykdytos kolektyvizacijos ir melioracijos, neigiamo aplinkos poveikio, o taip pat valstybei nepajėgiant apsaugoti etnografijos paveldo in situ, daugeliui pastatų ar daiktų patekimas į muziejų buvo vienintelė galimybė išlikti.
Muziejus renka etnografinę vertę turinčius daiktus ir pastatus – pačius būdingiausius, tapusius tautos savastimi. Jame saugomos 155 nekilnojamos muziejinės vertybės (liaudies architektūros ir technikos objektai, mažoji architektūra), iš kurių tik keletas yra kopijos. 2024 m. saugojimo patalpose ir ekspozicijose saugotos 95648 kilnojamos muziejinės vertybės. Jos suskirstytos temomis: žemės ūkio inventorius, baldai, namų apyvokos ir kiti buities daiktai, miestelio prekės, apranga, tekstilė, amatininkų darbo įrankiai, transporto priemonės, dailės objektai, spaudiniai, dokumentai, mokymosi reikmenys, žaislai ir kt.
- Muziejus kasmet įgyja virš 500 naujų muziejinių vertybių.
- Ekspozicijose lankytojams rodoma 14 procentų muziejuje saugomų muziejinių vertybių.